Struktura OP JAK reflektuje prioritní témata financovaná ze strukturálních fondů Evropské unie v programovém období 2021–2027 a zkušenosti z předchozích operačních programů v gesci Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. V případě hraničních oblastí a možných synergií vede MŠMT průběžnou diskusi se všemi relevantními aktéry (zejména Ministerstvo průmyslu a obchodu, Ministerstvo práce a sociálních věcí a Ministerstvo pro místní rozvoj). Základním východiskem pro vyjednávání je nastavení hraničních oblastí v rámci Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání.